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Ela é um membro da organização Akatsuki, e é também a única mulher do grupo. Seu time é Pein, que é o (líder da organização), e também são os únicos que se conheceram antes de entrarem para a Akatsuki (porém Tobi/Uchiha Madara e Uchiha Itachi também se conheciam antes de entrarem para Akatsuki). Eles eram amigos desde a infância. Konan é apelidada pelos ninjas da Vila da Chuva como "Anjo de Deus".
Infiltração
Jiraiya consegue se infiltrar em Amegakure no Sato após sair da boca de um pequeno sapo, devido ao seu Jutsu Gama Daira kage Ayatsuri no Jutsu. Mas "Pein" sente que alguém está obstruindo sua chuva, um intruso, Jiraiya. ele arma uma armadilha para capturar um habitante de Amegakure no Sato, ele invoca Gama Henge, um sapo que se transforma em uma casa, e ao dois habitantes de Amegakure no Sato adentrarem na falsa casa, e então Jiraiya se revela e Gama Henge retorna à sua forma de sapo e entra em um rio. Nesse mesmo momento o Akatsuki que detectou Jiraiya manda sua parceira ir atrás dele, Konan que utiliza seu Jutsu Kami no Bunretsu para se transformar em vários papéis e assim voar para averiguar a região.
Dentro do estômago do Gama Henge Jiraiya se utiliza de torturas um pouco diferentes, cócegas feitas com uma pluma, vendo que com esse método Jiraiya não conseguia obter nenhuma informação sobre Pein, o Akatsuki que o detectou é o líder da Akatsuki, Jiraiya recorre a outro método, transformá-los em sapos. Com o Ninpou - Kaeru no Jutsu transforma um deles em sapo e o outro rapidamente diz tudo o que sabe sobre Pein: Pein reside na mais alta torre do lado oeste de Amegakure no Sato, mas ninguém nunca o viu, todas suas ordens são dadas por meio de seus mensageiros. Ele fala também que Pain venceu a guerra civil que ocorria em Amegakure no Sato, e matou Hanzou, o antigo líder de Amegakure no Sato e aquele que nomeou Jiraiya, Tsunade e Orochimaru de Sannin, diz também que Pein matou qualquer ligação de Hanzou, apagando assim a sua existência, como uma punição divina, pois Pein se define como uma divindade.
Pein abre um aporta oculta que revela seis corpos de pessoas com mantos da Akatsuki. Como nenhum dos dois capturados de Jiraiya irá falar mais, Jiraiya manda Gama Henge para Konohagakure no Sato, e vai até uma parede e abre um portal que o leva a uma espécie de monte dos sapos onde invoca Gama Quii, uma espécie de sapo pergaminho, e coloca nele a chave para o Hakke no Fuuin Shiki também diz que se algo acontecer a ele Gama Quii deveria se confiar à Uzumaki Naruto.
Jiraiya usa seu Gama Daira kage Ayatsuri no Jutsu em um de seus capturados e assim andar despercebido, mas Konan percebe e o segue incógnita. Ela então comunica Pain que se trata de Jiraiya, Pain (com outro corpo) se refere à Jiraiya como Sensei (professor) e manda Konan atrás dele e se tivesse a oportunidade era para matá-lo. Konan ataca Jiraiya com seu Kami Shuriken e Jiraiya revida com seu Katon: Endan.
Revelações do Passado
Jiraiya e Konan parece se conhecerem de longa data, e o capturado de Jiraiya se refere à Konan como sendo o Anjo de Deus, Konan com seus origamis faz asas para si (por isso é chamada de Anjo de Deus) e ataca Jiaraiya com seu Jutsu Origami Shuriken no Jutsu mas Jiraiya a inunda de óleo com seu Gama Yu Dan, inutilizando assim seus origamis, e depois a prende com seu cabelo usando o Rangi Shigami no Jutsu, Jiraiya então começa a lembrar da época da guerra entre Konohagakure no Sato e Amegakure no Sato:
Enquanto Tsunade, Orochimaru e Jiraiya estavam no final de uma batalha uma criança de Amegakure no Sato os aborda pedindo um pouco de biscoito, Jiraiya lhe dá um pacote, ao fazer isso a criança chama dois amigos dizendo que aquele homem não é mau, Konan e Nagato. Tsunade já irritada manda-os embora mas a criança pergunta se eles são Shinobis (Ninjas) de Konohagakure no Sato e se eles poderiam ensinar Ninjutsus, Konan entrega à Jiraiya um origami de flor feita com a embalagem do biscoito, Orochimaru sugere matá-los e acabar com isso, mas Jiraiya diz que ficará para ensiná-los Ninjutsu.
Nagato é uma criança muito sensível, mas Yahiko (a criança que abordou os Sannin) diz que ele é muito maricas e que ele tem que virar um homem, Jiraiya diz que no futuro as nações se entenderão e ficarão em paz e tudo ficará bem, mas Yahiko diz que isso é besteira, que para eles entenderem eles tem de sofrer como eles sofreram, Yahiko diz também que mudará tudo isso, ira proteger todo mundo.
Momentos após Konan adentra a sala gritando que Nagato e Yahiko estão em perigo, mas ao Jiraiya chegar ao local vê um Shinobi (Ninja) de Iwagakure no Sato morto no chão, Jiraiya então vê algo aterrador nos olhos de Nagato, o Rin’negan, o mais poderoso de todos os Doujutsus. Após isso Jiraiya decide ensinar Jutsus à eles ensinado-os a liberar o Chakra, após o treino Jiraiya vê Nagato chorando na varanda, Nagato diz que quando viu aquele homem machucando Yahiko ele se enfureceu e ficou fora de si, Jiraiya diz que não sabe se o que ele fez foi certo ou não, mas lhe diz que Yahiko só sobreviveu por causa disso, Nagato diz que tudo o que ele mais quer fazer é proteger seus amigos. Durante o treino os três atacam um Kage Bushin de Jiraiya, Yahiko com um Suiton: Mizu Rappa, Konan com um Kami Shuriken e Nagato com um poderosíssimo Fuuton: Reppushou e derruba o Kage Bushin de Jiraiya, após isso Jiraiya diz que seu treinamento acabou e que todos ele amadureceram muito, principalmente Nagato.
Jiraiya diz à Konan que após ir embora começou a ouvir os nomes dos três e que todos que se envolviam com eles acabavam mortos, Konan diz que Jiraiya não imagina o que eles passaram, mas Jiraiya diz que sabe que o que a Akatsuki está fazendo é errado, nesse momento surge Pain dizendo que essa á a opinião dele. Então Jiraiya pergunta o que aconteceu com os três e Pein diz que ele é somente um estrangeiro e deve morrer e manda Konan recuar.
Destruindo Konohagakure no Sato
Uchiha Madara/Tobi reveleu que a Akatsuki irá atrás dos Conselheiros de Konoha, e da Kyuubi de Uzumaki Naruto. No capítulo 407 é mostrado Konan, Pein, e Uchiha Madara/Tobi em uma reunião da Akatsuki, onde será decidido as próximas ações da mesma. Onde Pein rearfima que irá capaturar a Kyuubi de Uzumaki Naruto, antes que Konohagakure no Sato decifre a mensagem deixada por Jiraiya. E nesse mesmo capítulo é mostrado um corpo inédito de Pein, mostrando ser o substituto do Antigo Círculo das Bestas.
Invasão
Pein e Konan iniciam sua invasão à Konohagakure no Sato, eles atacam um grupo de Shinobis (Ninjas) que estavam alojados perto de uma das extremidades da muralha que cerca Konohagakure no Sato.Pein diz que eles se separarão em dois, um fará o reconhecimento e o outro fará a distração, o grupo que fará o reconhecimento é o Círculo de Deus, Círculo dos Homens e o Círculo do Inferno, no grupo que fará a distração estão o Círculo dos Demônios, Círculo das Bestas e o Círculo dos Fantasmas Famintos, quanto à Konan, ela ficará no grupo de reconhecimento. Um dos Pein diz que há uma barreira que envolve toda Konohagakure no Sato, inclusive por debaixo da terra, Konan diz que qualquer um ao encostar-se a essa barreira será imediatamente detectado, Pein diz que eles continuaram com o plano de lançar o Círculo das Bestas por cima da barreira, pois assim será detectada somente uma pessoa, e quando o Círculo das Bestas chegar ao solo invocará os outros. Assim feito iniciam a devastação de Konohagakure no Sato, onde reforços são pedidos para auxiliar o time da barreira, e todos os Shinobis (Ninjas) estão apavorados.
Konan se depara com os membros do Clã Aburame, quando estavam prestes a atacar, Pein Círculo das Bestas desinvoca Konan para fora de Konoha. Konan pergunta a Pein oque ele vai fazer e ele diz que usara sua técnica mais forte. Konan diz para Nagato não fazer isso ao ver os corpos inanimados, pois isso encurtara sua vida. De repente Pein Círculo de Deus voando através do cêu de Konoha utiliza com maxima potência seu jutsu, o Shinra Tensei, destruido praticamente a vila inteira, simplesmente para punir todos de Konoha com a Dor. Após os estardalhaço, os corpos voltam a se mexer e Konan pergunta porque ele não para com essa loucura, Pein responde que essa é sua justiça. Konan então fala que se unira a ele, mas o adverte que é a ultima vez que usara seu Origami Bunshin no Jutsu.
Nagato se mostra
No final do mangá 436, Konan reaparece perto do verdadeiro corpo de Nagato que finalmente se mostra estando totalmente preso a uma espécie de maquina que transmite seu chakra para Pein Círculo de Deus na mais alta montanha de Konohagakure no Sato dizendo que só assim que seu desejo for feito todos conheceram a paz através da Dor, Nagato então começa a tossir sangue por usar demais seu chakra e Konan pede para ele não exagerar. que consegue ver a Paz se aproximando.
Chibaku Tensei
Nagato então começa a se concentrar, porém Konan fala para ele não ir tão longe, mas Nagato manda ela ficar quieta, pois esse jutsu requer muita concentração. Pein então cria uma pequena orbe negra que apos feita lança sobre a Kyuubi-Naruto, então uma espécie de vortex gravitacional começa a puxar tudo ao seu redor esmagando a Kyuubi devido a pressão gravitacional, ela tenta sair do jutsu com o Bijuu Rasengan, mas explode apenas uma parte da pequena esfera, a Kyuubi então uiva de furia ao ficar presa no meio da ~pequena esfera feita com um pedaço da região. Pein fica parado, graças ao fato de Nagato estar cansado e começar a sangrar, Konan não acredita que Nagato esta levando tudo isso a sério, mas Nagato a retruca dizendo que não pode pegar leve com o mais poderoso dos Bijuus, ele então compara a sua pequena esfera com a Lua que dizem que o Eremita dos Seis Caminhos criou e diz que seus feitos não superam ao do Eremita, porém afirma que capturou a Kyuubi no Youko. Do nada uma seqüência de explosões acontecem dentro da mini-esfera e Pein nota, de repente as explosões aumentam e uma coisa começa a imergir dali, Pein não acredita no que vê e então aparece novamente a Kyuubi, desta vez com 8 Caudas com sua transformação quase completa, Pein fica aturdido.